Сразу после окончания Великой Отечественной войны все мероприятия по ускоренной подготовке врачей были отменены, восстановлена профилизация преподавания на разных факультетах медицинских институтов, ежедневная учебная нагрузка снижена до 6 часов. Вновь был установлен 6-летний срок обучения. Были восстановлены все медицинские институты, прекратившие свое существование в годы войны.
Важную самостоятельную задачу послевоенного периода составило восстановление и дальнейшее развитие научного потенциала вузов. Этому призвана была способствовать учрежденная в 1944 г. Академия медицинских наук СССР. Крупные ученые, возглавлявшие кафедры в медицинских вузах страны, стали ее членами, в том числе зав. кафедрой анатомии КГМИ профессор В.Н. Терновский и возглавлявшие в конце 20-х — начале 30-х гг. кафедры в Казани профессора В. М. Аристовский, В. В. Чирковский, А. В. Вишневский. Казанский медицинский институт в конце 40-х гг. в АМН СССР представляли избранные членами-корреспондентами, профессора А. Д. Адо и А. В. Кибяков.
В послевоенные годы неоднократно совершенствовались и принимались новые учебные планы и программы изучаемых дисциплин. Была достигнута строгая последовательность при изучении теоретических и клинических предметов, повысилась роль лекций в процессе обучения. По окончании 3 и 4 семестров (2 курс) на всех факультетах были введены государственные экзамены (так называемые «полулекарские») по анатомии, гистологии, физиологии и биохимии — предметам, закладывающим основы физиолого-клинического мышления.
Был взят курс на профилизацию преподавания на разных факультетах и специализацию выпускников. На 6 курсе лечебного факультета усилилось преподавание клинических дисциплин: хирургии, терапии, акушерства и гинекологии. В 1948 г. по указанным специальностям была официально введена субординатура, таковая же была введена по педиатрии на педиатрическом факультете. На санитарно-гигиеническом факультете в 12 семестре стала осуществляться специализация по узким гигиеническим предметам и эпидемиологии. В 1949/50 учебном году были увеличены до 5 лет сроки обучения на стоматологических и фармацевтических факультетах.
В последующие десятилетия (до середины 60-х гг.) учебные планы видоизменялись, дополнялись, совершенствовались в целях достижения наилучших результатов подготовки врачей для удовлетворения социального заказа.
Ректорство Р. А. Вяселева
С февраля 1947 по декабрь 1963 г. одиннадцатым директором КГМИ был профессор Рустам Аллямович Вяселев (1900—1967). Обаятельный и мудрый человек с мягкой улыбкой, все понимающим взглядом серьезных глаз, он оставил заметный след в жизни нескольких поколений казанских медиков и по праву вошел в историю казанской медицинской школы как выдающийся организатор высшего медицинского образования.
Открытие стоматологического факультета
В 1950 г. Казанский стоматологический институт был переведен в Казахстан. Возникшая нехватка кадров врачей-стоматологов в Поволжье заставило Минздрав РСФСР в 1954 г. открыть в Казани на базе медицинского института стоматологический факультет. Его организаторами стали бывшие сотрудники стоматологического института: деканат возглавил бывший директор института, доцент Г. Ф. Тихонов, а кафедры ортопедической и хирургической стоматологии заняли бывшие заведующие кафедрами стоматинститута, корифеи казанской стоматологии, профессора И. М. Оксман и Е. А. Домрачева.
Потеря клиник
В 1953 г. «Старая клиника» и клинический городок Казанского медицинского института передаются в ведение МЗ ТАССР, на их базе организуется Республиканская клиническая больница. Это была стратегическая ошибка! Следует хорошо понимать, если у медицинского вуза не имеется своей (еще раз подчеркнем — именно своей!) клинической базы, своих клиник, то трудно ожидать впечатляющих научных и педагогических результатов.
Закрытие санфака
Вторая половина 50-х гг. оказалась весьма памятной для санитарно-гигиенического факультета. В 1957 г., согласно приказу МЗ РСФСР, был прекращен прием на этот факультет. Студентов 2 и 3 курсов перевели на лечебный и педиатрический факультеты, а студенты 4—6 курсов продолжили учебу по учебному плану санитарного профиля. Поэтому, несмотря на прекращение приема, факультет работал еще в течение трех лет, и последний выпуск был осуществлен в 1960 г., когда факультет окончили 149 человек, в том числе 11 с отличием. Через год, в июле 1961 г., приказом министра здравоохранения РСФСР в целях расширения подготовки санитарных врачей в КГМИ вновь был открыт санитарно-гигиенический факультет с планом приема в 100 человек. Осенью 1961 г. после четырехлетнего перерыва на первый курс зачислили 90 студентов и 14 кандидатов. Однако отсутствие приема в течение этих лет привело к острой нехватке специалистов данного профиля, и в 1962 г. на санитарно-гигиенический факультет принимали не только на дневное, но и на вечернее отделение, которое существовало в первой половине 60-х гг.
Деканами санитарно-гигиенического факультета работали профессор С. М. Арановский (1944—1950 гг.), профессор В. В. Милославский (1950—1953 гг.), доцент Ш. X. Жданов (1953—1960 гг.; 1961 — 1968 гг.), доцент И. А. Мухутдинов (1968—1987 гг.), доцент В. М. Смирнов (1987—1994 гг.), профессор А. Б. Галлямов (с 1994 г.).
Открытие ЦНИЛ
Одним из этапных, важнейших событий в истории КГМУ тех лет стало открытие в 1960 г. Центральной научно-исследовательской лаборатории. Ее организатором и первым заведующим был кандидат медицинских наук В. Н. Швалев, а первыми сотрудниками — С. Н. Морозова, И. А. Андрушко, 3. Г. Береговская, Т. М. Мотылевская, Е. Г. Медведева, Г. Н. Швалева, О. А. Гидаспова. В ЦНИЛ создаются патофизиологическая, биохимическая, морфологическая, а затем и гигиеническая группы.