В октябре 1930 г., выполняя директивы центральных органов, заместителем директора Казанского университета для организации медицинского института назначается заместитель декана медицинского факультета, ассистент факультетской хирургической клиники Салих Мухутдинович Курбангалеев (1901—199?), которому суждено было стать первым директором КГМИ. Он в ноябре 1930 г. выезжает в Москву для выяснения в Совнаркоме, Наркомпросе и Наркомздраве РСФСР организационных, штатных и сметных вопросов по выделению факультета из состава Казанского университета. После предварительно проведенной работы появляется приказ № 1 по Казанскому государственному медицинскому институту:
«1. На основании постановления Совета Народных Комиссаров РСФСР от 5 ноября 1930 года (п. 3) о выделении медицинского факультета Казанского университета и согласно предложения сектора кадров Наркомпроса РСФСР от 18/XI с. г. за № 5003 и Народного Комиссариата Здравоохранения РСФСР от 15/ XI с. г. за № 10—5107—7 по приказу по Казанскому государственному университету от 28/XI—30 г. дела Медицинского института, реорганизованного ... медицинского факультета КГУ принял и к исполнению обязанностей директора института, по согласованию с Татнаркомздравом, приступил. Директор Курбангалеев».
Помощником директора по учебной части назначается А. А. Диковицкий, по финхоз-части — Ш. В. Бикчурин, деканом лечебно-профилактического факультета — зав. кафедрой психиатрии, профессор Т. И. Юдин.
Организационных дел при создании самостоятельного медицинского института оказалось немало. Прежде всего, создается достаточно работоспособный административно-хозяйственный аппарат — канцелярия дирекции, деканат, бухгалтерия и хозяйственная служба.
Перестраивается работа ранее существовавших факультетских профильных кафедр и пересматриваются их учебные планы. В учебную программу вводятся новые дисциплины и предметы. Срочно организуются, оборудуются и укомплектовываются кадрами новые кафедры физики, общей и биологической химии, общественных наук и собственного рабфака. С учетом национальных особенностей Татарской республики принимаются меры к организации кафедры татарского языка, проводятся мероприятия по коренизации преподавания (создаются рабочие бригады по разработке терминологии на татарском языке по соответствующей специальности). Родной язык преподается также для чувашей, мари и мордвы.
В институте уже с нового 1931/32 учебного года почти вдвое возрос прием студентов на 1 курс. Вместо практиковавшегося ранее самостоятельного устройства выпускников на работу было введено распределение их по планам Наркомздрава РСФСР. Предпринимались шаги по организации санитарно-профилактического факультета.
В институте серьезное внимание уделялось подбору, подготовке и росту научно-педагогических и врачебных кадров. Например, из препараторов кафедры патофизиологии был переведен ассистентом будущий академик А. Д. Адо, штатным ординатором кафедры психиатрии становится доктор С. В. Курашов, будущий директор института, министр здравоохранения СССР и т. д. Широко практикуются научные командировки аспирантов и преподавателей в ведущие научно-медицинские учреждения страны с целью изучения отдельных научных проблем. Доценту кафедры социальной гигиены С. М. Шварцу была предоставлена годичная научная командировка в Берлин, ассистенту кафедры глазных болезней СБ. Еналееву — в Соединенные Штаты Америки. Профессора и научные работники принимают активное участие на Всесоюзных научных съездах, совещаниях и конференциях по различным проблемам медицины.
В 1935 г. постановлением правительства были установлены ученые степени и звания: доктора и кандидата наук, профессора и доцента. При этом ученые степени стали присваиваться после публичной защиты диссертации, а ученые звания — в зависимости от выполнения научно-педагогической работы.
В 1939 г. приказом Комитета по делам высшей школы утверждается новый штат для КГМИ, согласно которому количество кафедр и клиник увеличивается до 49, включая и самостоятельные курсы.
1 февраля 1940 г. Указом Президиума Верховного Совета ТАССР было утверждено почетное звание заслуженный деятель науки ТАССР. Это звание присваивается профессорам КГМИ И. П. Васильеву, Н. К. Горяеву, Б. Л. Мазуру, В. В. Милославскому, Л. И. Оморокову, Н. В. Соколову, А. Г. Терегулову.
Тогда же была утверждена Почетная грамота Президиума Верховного Совета ТАССР — высшая награда республики, в этот же день грамотой было награждено 10 сотрудников КГМИ, в т. ч. профессор К. А. Дрягин, ассистенты Р. А. Вяселев, М. А. Ерзин, С. X. Файзуллин, X. Н. Амиров.
