Становление Казанского медицинского института пришлось на период борьбы с «троцкистами», «вредителями», «террористами».
Во второй половине 30-х гг. нарастает активность в выявлении «скрытых врагов народа» и в стенах института. В эти годы были репрессированы:
- бывший директор института,
- заведующий кафедрой патологической физиологии профессор М. И. Аксянцев,
- директор института, доцент офтальмологической клиники С. Б. Еналеев,
- заведующий кафедрой гигиены труда профессор С. М. Шварц,
- ассистент кафедры социальной гигиены И. 3. Векслер,
- доцент кафедры гигиены В. Н. Несмеянов,
- заведующий кафедрой эпидемиологии В. И. Попов и др.
С. Б. Еналеев, С. М. Шварц, В. И. Попов погибли в сталинских застенках.
23 декабря 1937 г. появился приказ директора КГМИ, который круто изменил жизнь первого декана санитарно-гигиенического факультета Л. А. Мустафина. Проверкой кафедры социальной гигиены было установлено следующее: на кафедре социальной гигиены, возглавляемой профессором Ф. Г. Мухамедьяровым и доцентом Л. А. Мустафиным, до последнего дня хранились портреты «врагов народа»; преподавание велось по политически «вредным и устаревшим» программам.
Кроме того, лекции Ф. Г. Мухамедьярова «подрывали» авторитет советского здравоохранения. В них имелись «политические извращения, искажавшие учение Ленина и Сталина».
В результате Ф. Г. Мухамедьярова временно отстранили от заведования кафедрой, а Л. А. Мустафина уволили из института.