11 сентября 1868 г. экстраординарным профессором кафедры физиологической анатомии Казанского университета был избран Петр Францевич Лесгафт. Талантливый ученый, человек передовых убеждений, не признающий никаких компромиссов, если он был уверен в своей правоте, молодой профессор (ему был тогда 31 год) вскоре завоевал уважение и сгруппировал вокруг себя наиболее прогрессивных ученых университета. Такая популярность, а главное, необычайная смелость суждений пришлись не по нраву реакционной профессуре, у которой с преподавателями, объединившимися вокруг П. Ф. Лесгафта, возник конфликт.
Лесгафт Петр Францевич
Начало его связано с тем, что Петр Францевич принял ассистентом кафедры анатомии акушерку Е. С. Мужскову, хотя царским законодательством категорически запрещалось допускать женщин к учебе в университетах, а тем более к работе на подобных должностях. Толчком же к открытой схватке послужили экзамены по анатомии, которые принял профессор А. В. Петров 15 августа 1870 г. у одного студента и трех докторантов. Узнав о том, что экзамены прошли формально, без приготовления необходимых анатомических препаратов, П. Ф. Лесгафт попросил членов медицинского факультета кассировать экзаменационные испытания. Экзамены были признаны недействительными, дело передали в совет университета, который, в свою очередь, обратился к попечителю Казанского учебного округа с просьбой направить решение совета на рассмотрение министра народного просвещения. Однако попечитель округа Шестаков, реакционер и ярый проводник верноподданнических идей, предложил совету университета решить вопрос самостоятельно.
Не желая конфликтовать с попечителем, совет признал экзамены законными. Возмущенный таким исходом дела и стремясь защитить автономию высшей школы, П. Ф. Лесгафт опубликовал в газете «Санкт-Петербургские ведомости» письмо, в котором резко критиковал самоуправство попечителя округа, «который постоянно домогается превратить ... университет в покорную гимназию или скорее в канцелярию послушных чиновников». По сути, П. Ф. Лесгафт критиковал не только попечителя, но и всю правительственную политику в области университетского образования.
Это смелое публичное выступление вызвало гнев властей. Распоряжением Александра II 27 октября 1871 г. передовой ученый был уволен из Казанского университета. В знак протеста против такого решения семь профессоров университета подали в отставку. Четверо из них были профессорами медицинского факультета: биохимик А. Я. Данилевский, гистолог А. Е. Голубев, терапевт П. И. Левитский, гигиенист А. И. Якобий. Этот коллективный демарш (учитывая, что П. Ф. Лесгафт был уволен по воле самого царя) принял явную политическую окраску и вызвал широкий резонанс в передовых кругах русской общественности.
Следует отметить, что для всех российских университетов всегда крайне острой оставалась проблема преподавательских кадров. Так, в Казанском университете общее число профессоров и преподавателей в 1864 г. составляло чуть более 30 человек, а необходимо было 90. Для решения этой проблемы стали направлять на обучение за границу наиболее даровитых магистров на два года в различные университеты Европы. Общее руководство программой ускоренной подготовки докторов наук было возложено на Н. И. Пирогова. Из казанских медиков такое обучение прошел физиолог Н. О. Ковалевский. В числе обязанностей молодого человека, командированного для обучения, значилось, что он должен «являться по временам за границей к тайному советнику Пирогову, сообщать ему о своих трудах и занятиях, пользоваться его советами и указаниями и, вообще, действовать по его наставлениям». Согласно этому предписанию, Н. О. Ковалевский был у Н. И. Пирогова и о свиданиях с ним вспоминал всегда с большим удовольствием.
Личность великого хирурга и педагога оставила в нем неизгладимое впечатление.
Казанский университет инициировал ряд проектов по расширению высшего
образования в стране. Так, медицинский факультет сразу же после принятия устава
1863 г. поставил вопрос об открытии в его составе ветеринарного отделения. Совет
университета согласился с мнением о целесообразности его открытия, но «оно
должно быть самостоятельным, независимым от университета». Причем в решении
совета подчеркивалось, что преподаватели и студенты будущего учебного заведения
будут иметь право пользоваться всеми учебными пособиями университета. Как
самостоятельное учебное заведение, ветеринарный институт был открыт в 1873 г.
Основу его преподавательского корпуса составили университетские профессора. Так
была положена традиция создания новых высших учебных заведений в Казани на базе
тех или иных подразделений университета.
