В этот период был установлен тесный контакт с преподаванием профпатологии. Курс лекций по профессиональной патологии читал с 1938 г. доцент А. Я. Плешицер. В дальнейшем инициатором создания профпатологической службы в Казани стал доцент И. Е. Голубовский, который заведовал курсом профпатологии с 1964 по 1969 г. С 1969 г. курсом заведует доцент И. В. Чудновская.
С 1939 по 1952 г. кафедрой гигиены труда и профзаболеваний заведовал профессор Соломон Моисеевич Арановский. Имея широкий кругозор, он посвятил свои исследования многим вопросам гигиены труда в металлургической и текстильной промышленности, охраны труда рабочих железнодорожного транспорта. По инициативе ученого в 1951 г. были изданы труды санитарного факультета КГМИ. С. М. Арановский был деканом санитарного факультета в 1944—1950 гг.
В 1952—1953 гг. кафедрой временно руководил профессор С. С. Шульпинов. В 1953— 1957 гг. кафедру гигиены труда и профзаболеваний возглавлял доцент Ш. X. Жданов.
С 1957 по 1960 г. и с 1965 по 1981 г. кафедрой заведовал заслуженный деятель науки ТАССР, профессор Владимир Павлович Камчатнов (1920—1988). С 1961 по 1965 г. в связи с ликвидацией факультета кафедра была закрыта. Перу В. П. Камчатнова принадлежат 2 монографии. Под его руководством подготовлены 25 кандидатских диссертаций. В тематике кафедры прочное место занимали вопросы гигиены, токсикологии и физиологии труда, изучения условий труда работающих в условиях темноты и неактиничного освещения.
В 1981 г. кафедру гигиены труда и профзаболеваний возглавил лауреат Государственной премии РТ, заслуженный деятель науки РТ и РФ, действительный член РАМН, профессор Наиль Хабибуллович Амиров. Им сформирована научная школа, определившая самостоятельный методический подход к решению целого ряда проблем медицины труда и промышленной экологии. Так, в серии работ, посвященных профилактике заболеваний среди пользователей видеодисплейных терминалов, показано, что субъективный дискомфорт у них связан с изменениями в нервных центрах, ответственных за вегетативную регуляцию функций организма, с неблагоприятными особенностями микроклимата рабочих мест.
В 90-х гг. под руководством Н. X. Амирова начали проводиться фундаментальные исследования по оценке потенциальной канцерогенной и мутагенной опасности различных производств. В сферу научных интересов ученого также входят вопросы гигиены труда в отдельных отраслях промышленности.
Академик Н. X. Амиров — автор 5 монографий и 25 методических рекомендаций, руководитель 9 докторских и 25 кандидатских диссертаций. Его ученики профессора А. X. Яруллин, К. К. Яхин, Р. Я. Хамитова, А. Б. Галлямов возглавили кафедры и самостоятельные курсы КГМУ.