Устройство университетов основывалось на университетском уставе 1804 г. В его основу была заложена идея автономии, то есть независимости университета от государства. Это выражалось в выборности ректора, проректоров, профессоров при соблюдении тайного голосования.
Университет самостоятельно принимал решения об открытии кафедр, имел право утверждать в ученых степенях. Высшей инстанцией университета являлся университетский совет, возглавляемый ректором.
Совет рассматривал все важнейшие вопросы жизни университета: избрание преподавателей (ординарных профессоров, экстраординарных профессоров (с позиции настоящего времени — доцентов) и адъюнктов), «изыскание способов к усовершенствованию преподавания наук в университете», проведение испытаний «успехов и способностей воспитанников» и т. д.
Уставом 1804 г. обеспечивалось право на свободу преподавания. Профессор сам избирал «для лекций книгу своего сочинения или другого известного ученого мужа» и представлял ее на утверждение совета. Устав требовал от профессора:
- «Преподавать курсы лучшим и понятнейшим образом и соединять теорию с практикою...
- Преподавая наставления, пополнять курсы свои новыми открытиями, учиненными в других странах Европы...».
Согласно уставу 1804 г. университет состоял из четырех факультетов (отделений): нравственных и политических наук; физических и математических наук; врачебных или медицинских наук; словесных наук. Учебными делами факультетов ведали собрания (советы) факультетов, во главе которых стояли деканы. Их решения утверждал совет университета.
